Figlio del bassista jazz Bill Lee e dell'insegnante d'arte Jacqueline, Spike ha tre fratelli impegnati tutti in campo cinematografico e spesso inseriti nel cast dei film da lui diretti. Cresce a Brooklyn e dopo il collage, si iscrive in una scuola per soli ragazzi frequentata esclusivamente da afro-americani dove si diploma nel 1978 in 'Comunicazioni di massa'. Successivamente mentre frequenta l'Università, realizza una serie di cortometraggi tra cui 'Joe's Bed - Study Barbershop: We Cut Heads' (1983), vincitore dello Student Academy Award e dell'Ernest Artaria Award al Festival di Locarno. Grazie ai consensi ottenuti, riesce a trovare i fondi per la nascita della sua casa di produzione, la '40 Acres and a Mule Filmworks' con cui realizza il suo primo lungometraggio "Lola Darling", da lui anche scritto e interpretato, vincitore del Prix de Jeunesse al Festival di Cannes. Sin da questo film d'esordio si impone come uno dei più importanti registi del panorama cinematografico afro-americano, ruolo che si rafforza maggiormente con i suoi film successivi: "Fa' la cosa giusta" (1989) candidato all'Oscar per la miglior sceneggiatura originale, alla Palma d'oro al Festival di Cannes e a due Golden Globes, "Aule turbolente" (1988), "Mo' Better Blues" (1990), "Jungle Fever" (1991) candidato alla Palma d'oro e vincitore del Premio Ecumenico. Menzione Speciale al Festival di Cannes, il film biografico "Malcolm X" (1992) candidato all'Orso d'oro a Berlino, sulla figura del leader islamico della protesta nera, interpretato da Denzel Washington. Ricordiamo inoltre "Bus in viaggio"(1996),"Quattro ragazzine"(1997), "Bamboozled" nel 2000, "La 25a Ora"(2002) e "Lei mi odia" presentato a Venezia 2004.
Ultimamente ha realizzato un episodio della pellicola "All the invisible children" (2005), ha girato il film "Inside man" (2006) interpretato dall'amico Denzel Washington, Clive Owen e Jodie Foster e ha lavorato al film sull'uragano Katrina "When the Levees Broke: A Requiem in Four Acts" (2006) presentato a Venezia.