Nata il 12 aprile 1971 a Memphis (nel Tennessee), Shannen si è trasferita a Los Angeles all'età di 7 anni. Ha iniziato la sua carriera partecipando a 11 anni alla serie "La casa nella prateria" nel ruolo di Jenny Wilder (anche se in realtà era apparsa anche nel 1981 in "Father Murphy") e poi come guest star a "Magnum P.I.", "Airwolf" e "New York New York". Nel 1986 ha partecipato al serial "Vita col nonno" nel ruolo di Kris Witherspoon, poi è comparsa in "21 Jump Street", prima di ottenere nel 1990 il ruolo della ragazza carina (ma antipatica) Brenda Walsh in "Beverly Hills 90210", che ha mantenuto per quattro anni.
E' stata sposata con Ashley Hamilton (nel 1993/94, per otto mesi), ed è stata fidanzata con Max Factor, con l'uomo d'affari Chris Foufas e con l'attore Rob Weiss. Nell'anno 2001 Shannen si è frequentata con l'attore Julian McMahon (Cole in "Streghe"), con cui ha girato, dopo la sua uscita dalla serie, il film TV "Another Day".
In futuro spera di trasferirsi nella fattoria in Colorado che ha adocchiato da tempo e nella quale vorrebbe allevare cavalli. Ha un carattere difficile e ribelle, e lo ha confermato lasciando "Streghe" al termine della 3^ serie a causa dei suoi turbolenti rapporti con la collega Alyssa Milano. Di "Streghe" Shannen ha anche diretto 3 episodi, precisamente il 2.22, 3.14 e 3.22 (l'ultimo in cui è apparsa).
Dal gennaio 2003 Shannen Doherty presenta il reality-show "Scare Tactics", in cui delle persone vengono messe di fronte a finti rapimenti dei loro cari... da Nel dicembre 2000 è stata fermata per guida in stato di ubriachezza a Thousand Oaks (in California) e arrestata; dopo il processo, svoltosi nel giugno 2001, è stata condannata a tre anni di lavori socialmente utili per cinque giorni alla settimana (tra i quali parlare ai giovani di Los Angeles dei pericoli dell'alcool), e al pagamento di una multa di 1.500 dollari, e soltanto in questo modo ha evitato l'arresto.
Dalla fine di gennaio all'ottobre 2002 Shannen è stata sposata in seconde nozze a Las Vegas con l'uomo di spettacolo Rick Solomon, di due anni più piccolo di lei.