Destinato ad un futuro da impiegato nella General Motors, Michael a 22 anni decide di tentare la via del giornalismo e fonda il 'Flint Voice', un quotidiano locale che dirige per dieci anni.
Alla fine degli anni '80 inizia l'attività di documentarista con "Roger and Me", un film apprezzato dall'opinione pubblica americana, con il quale il regista lancia un feroce atto d'accusa nei confronti del presidente della General Motors, Roger Smith, e ritrae il disagio sociale dei numerosi operai espulsi dal mercato del lavoro in seguito alla chiusura di una fabbrica della società nel Michigan.
Il successo commerciale gli permette di fondare la 'Dog Eat Dog', una casa di produzione con cui realizza le serie televisive al vetriolo "TV Nation" (1994/95) e "The Awful Truth" (1999), da lui anche condotte. Nel 1995 dirige il primo lungometraggio a soggetto, "Operazione Canadian Bacon".
Il successo internazionale arriva nel 2002 con il pluripremiato "Bowling a Columbine" vincitore, tra gli altri, dell'Oscar 2002 come miglior film documentario.
Durante la cerimonia della consegna dei premi, non ha smentito la sua fama di 'personaggio scomodo' e nel suo discorso di ringraziamento ha duramente attaccato il presidente degli Stati Uniti George W. Bush.
Ha nuovamente attaccato il presidente Usa con "Fahrenheit 9/11", in cui ha cercato di spiegare perché gli Stati Uniti sono finiti nel mirino del terrorismo.
Ha presentato fuori concorso al 60mo Festival di Cannes un nuovo documentario dal titolo "Sicko" e nel 2009 ha realizzato "Capitalism: a love story" sugli effetti disastrosi prodotti dal dominio delle grandi aziende sulla vita quotidiana degli abitanti.