Marco approda nel mondo del cinema all'inizio degli anni '50 come produttore di una serie di film, ma l'iniziativa fallisce quasi subito. Dopo una breve esperienza lavorativa con Cesare Zavattini, si trasferisce in Spagna dove diventa venditore di obiettivi per macchine da presa. Quasi per caso conosce lo scrittore Rafael Azcona, che diventa il suo sceneggiatore di fiducia. La coppia realizza, fra il 1958 ed il 1960, il trittico di pellicole "El pisito" (1958), "Los Chicos" (1959) e "El Cochecito" (1960). Si tratta di film a basso costo nei quali, tuttavia, già si intravedono i temi che caratterizzeranno gran parte del cinema di Ferreri: l'umorismo nero, le accoppiate bizzarre, il mondo degli anziani. Rientrato in Italia, realizza "Una storia moderna - L'ape regina"(1963) che però viene in parte censurata.
Nel 1965 firma "L'uomo dei cinque palloni" (1965) che il produttore Carlo Ponti riduce ad episodio del film collettivo "Oggi, domani e dopodomani". Nel 1969, realizza quello che è ritenuto il suo capolavoro "Dillinger è morto". Negli anni Settanta, realizza molti film di successo come "La cagna" (1972), "La grande abbuffata" (1973) e "Non toccate la donna bianca" (1974). Gli anni Ottanta sono caratterizzati da una sorta di ritorno al passato con "Storie di ordinaria follia" (1981), "Storia di Piera" (1983) e "Il futuro è donna" (1984).
Nel 1991, vince l'Orso d'oro al Festival di Berlinocon la pellicola "La casa del sorriso". Dopo "La carne" (1991) e "Diario di un vizio" (1993) nel 1996 Marco Ferreri presenta alla Mostra del Cinema di Venezia il suo ultimo film, "Nitrato d'argento". Muore all'Ospedale della Pitie Salpetrière di Parigi a causa di un infarto.