John comincia a scrivere articoli di critica cinematografica per riviste femminile e per la radio. Entra alla BBC nel 1955 come assistente montatore e in pochi anni arriva a diventare regista con una serie di documentari innovativi. Nel 1965 gira il suo primo film: "Having a Wild Weekend". Il film ha poca risonanza ma lo porta ad Hollywood dove nel 1967 dirige il film d'azione con Lee Marvin "Senza un attimo di tregua" (Point Black) e nel 1968 il drammatico "Duello nel Pacifico" (Hell in the Pacific). In quegli anni nel cinema vengono introdotte nuove tecnologie e Boorman le utilizza nel terrificante "Un tranquillo week end di paura" (1972) che ottiene una nomination per la regia e la produzione.
Raggiunge il top nel genere thriller con "L'Esorcista 2: l'Eretico". Si dedica poi alla rivisitazione storica con "Excalibur" e alla storia di una tribù amazzonica con "La foresta di smeraldo"(1985). Con la pellicola "Anni '40", ottiene tre nominations: miglior film, sceneggiatura e regia. Sorprende la critica ma piace al pubblico nel 1990 il suo "Where the Heart is" e nel 1991 firma la sceneggiatura e la regia del film biografico "Ho sognato d'essermi svegliato". Nel 2000 realizza "Il Sarto di Panama" con Pierce Brosnan e Jamie Lee Curtis. Nel 2003, infine, ha diretto il lungometraggio "In my Country" con Samuel L. Jackson e Juliette Binoche, presentato in concorso al 54mo Festival di Berlino.